AT1G55180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.534 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phospholipase D alpha 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of C2-PLD. subfamily Represents a phospholipase D (PLD) gene with four exons, hence it is a member of the alpha class. Its amino acid sequence is quite different from other PLDs, therefore it might possess unique structural and/or catalytic properties. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phospholipase D alpha 4 (PLDEPSILON); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), Phospholipase D (InterPro:IPR015679), Phospholipase D, plant (InterPro:IPR011402), Phospholipase D/Transphosphatidylase (InterPro:IPR001736), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phospholipase D alpha 1 (TAIR:AT3G15730.1); Has 1995 Blast hits to 1528 proteins in 409 species: Archae - 2; Bacteria - 580; Metazoa - 308; Fungi - 419; Plants - 534; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 152 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20585057..20587629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 86774.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 762 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELEEQKKYF HGTLEITIFD ATPFSPPFPF NCICTKPKAA YVTIKINKKK VAKTSSEYDR IWNQTFQILC AHPVTDTTIT ITLKTRCSVL GRFRISAEQI 101: LTSNSAVING FFPLIADNGS TKRNLKLKCL MWFRPAYLEP GWCRALEEAS FQGIRNASFP QRSNCRVVLY QDAHHKATFD PRVDDVPFNA RNLWEDVYKA 201: IESARHLVYI AGWALNPNLV LVRDNETEIP HAVGVTVGEL LKRKSEEGVA VRVMLWNDET SLPMIKNKGV MRTNVERALA YFRNTNVVCR LCPRLHKKLP 301: TAFAHHQKTI TLDTRVTNSS TKEREIMSFL GGFDLCDGRY DTEEHSLFRT LGTEADFYQT SVAGAKLSRG GPREPWHDCH VSVVGGAAWD VLKNFEQRWT 401: KQCNPSVLVN TSGIRNLVNL TGPTEENNRK WNVQVLRSID HISATEMPRG LPVEKSVHDG YVAAIRKAER FIYIENQYFM GSCDHWESKN DKICSGCTNL 501: IPVEIALKIA AKIRARERFA VYIVIPMWPE GPPESETVEE ILHWTRETMS MMYQIIGEAI WEVGDKSHPR DYLNFFCLAN REEKRDGEFE AVSSPHQKTH 601: YWNAQRNRRF MVYVHSKLMI VDDTYILIGS ANINQRSMDG CRDTEIAIGC YQTNTNNTNE IQAYRLSLWY EHTGGKITAD DLSSSEPESL ECVRGLRTIG 701: EQMWEIYSGD KVVDMLGIHL VAYPISVTGD GAVEEVGDGC FPDTKTLVKG KRSKMFPPVL TT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)