AT1G54360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TBP-ASSOCIATED FACTOR 6B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of two Arabidopsis proteins with significant similarity to the histone fold TBP-associated factor TAF6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TBP-ASSOCIATED FACTOR 6B (TAF6B); FUNCTIONS IN: RNA polymerase II transcription factor activity, DNA binding, transcription initiation factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription factor activity, transcription initiation; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1546 (InterPro:IPR011442), Histone-fold (InterPro:IPR009072), TATA box binding protein associated factor (TAF) (InterPro:IPR004823); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TATA BOX ASSOCIATED FACTOR II 59 (TAIR:AT1G04950.3); Has 448 Blast hits to 448 proteins in 171 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 197; Fungi - 137; Plants - 65; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 49 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20290600..20293160 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56500.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 504 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVTKESIEVI AQSIGLSTLS PDVSAALAPD VEYRVREVMQ EAIKCMRHAR RTTLMAHDVD SALHFRNLEP TSGSKSMRFK RAPENRDLYF FDDKDVELKN 101: VIEAPLPNAP PDASVFLHWL AIDGIQPSIP QNSPLQAISD LKRSEYKDDG LAARQVLSKD LQIYFDKVTE WALTQSGSTL FRQALASLEI DPGLHPLVPF 201: FTSFIAEEIV KNMDNYPILL ALMRLARSLL HNPHVHIEPY LHQLMPSIIT CLIAKRLGRR SSDNHWDLRN FTASTVASTC KRFGHVYHNL LPRVTRSLLH 301: TFLDPTKALP QHYGAIQGMV ALGLNMVRFL VLPNLGPYLL LLLPEMGLEK QKEEAKRHGA WLVYGALMVA AGRCLYERLK TSETLLSPPT SSVWKTNGKL 401: TSPRQSKRKA SSDNLTHQPP LKKIAVGGII QMSSTQMQMR GTTTVPQQSH TDADARHHNS PSTIAPKTSA AAGTDVDNYL FPLFEYFGES MLMFTPTHEL 501: SFFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)