AT1G54350.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ABC transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter, N-terminal (InterPro:IPR010509), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxisomal ABC transporter 1 (TAIR:AT4G39850.3); Has 196809 Blast hits to 191927 proteins in 3574 species: Archae - 3050; Bacteria - 158969; Metazoa - 4367; Fungi - 3288; Plants - 2549; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 24583 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20286917..20290245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80058.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 706 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MILMITAPVC PPHLLLRHSS LLRHESSIGN FHRKKNPRFR TVSCSSLLPQ PSVRPDKASE LKTLWKKFYK VASPYWFSED KDQARLRLAA VFALTLATTG 101: ISVGFNFLGR DFYNSLANKD QEQFTKQLFY YLCAFAGGIP FFVLRDYTKE TLSLRWRSWM TKYYLQRYLK DQTFYKIQSQ SIIDNPDQRL VDDLSSFTGT 201: ALSFSLTLVN ATIDLISFSN ILFTIYPPLF LVLLLYSFGG TAISVFLGKG LVNLNFLQEK KEADFRYSLV RVRENAESIA FYGGEQNEMQ LLLQRFRSAF 301: DNLTELLIAS RNLEFFTDGY RYLIQILPVA VVAPMYFSGK IEFGVINQSV SAFNHILGDF SLVVYQFQAI SSFSAVIDRL GEFDDLLDNN IFRDPSDTVD 401: EIELTYQSEM NSSLLDTNGS IKSQPNQKRL EIEELTLQTP TNGTTLVHNL SADVYDKDHL LIMGPSGSGK TSLLRAMAGL WRSGKGKITF YLDPEVDFTQ 501: EKSDTQENSG KRGDVLFLPQ RPYMVLGSLR QQLLYPTWSA TVEETTPGGS NIDGSPPLLI REDGNEKPTT DDLMRTLEKV CLGHIADRFG GLDSIHEWSS 601: VLSLGEQQRL AFARLLLSQP KLALLDESTS ALDEANEAFL YQQIQSAGIT YISIGHRRTL TKFHNKILQI STADPKSNER NWRIEDVDAQ DSLYGRLNQK 701: EVPSES |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)