AT1G52920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : G protein coupled receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plasma membrane–localized ABA receptor, which interacts with the Gαβγ complex. It has been postulated that the binding of ABA to GCR2 results in the release of the G protein and dissociation of the heterotrimeric complex into Gα and the Gβγ dimer to activate downstream ABA effectors and to trigger the ABA responses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
G protein coupled receptor (GPCR); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: LanC-like protein, eukaryotic (InterPro:IPR020464), Six-hairpin glycosidase-like (InterPro:IPR008928), Lanthionine synthetase C-like (InterPro:IPR007822); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GCR2-like 2 (TAIR:AT2G20770.1); Has 681 Blast hits to 670 proteins in 211 species: Archae - 0; Bacteria - 184; Metazoa - 280; Fungi - 66; Plants - 112; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 39 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19709360..19711048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46453.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 410 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGERFFRNEM PEFVPEDLSG EEETVTECKD SLTKLLSLPY KSFSEKLHRY ALSIKDKVVW ETWERSGKRV RDYNLYTGVL GTAYLLFKSY QVTRNEDDLK 101: LCLENVEACD VASRDSERVT FICGYAGVCA LGAVAAKCLG DDQLYDRYLA RFRGIRLPSD LPYELLYGRA GYLWACLFLN KHIGQESISS ERMRSVVEEI 201: FRAGRQLGNK GTCPLMYEWH GKRYWGAAHG LAGIMNVLMH TELEPDEIKD VKGTLSYMIQ NRFPSGNYLS SEGSKSDRLV HWCHGAPGVA LTLVKAAQVY 301: NTKEFVEAAM EAGEVVWSRG LLKRVGICHG ISGNTYVFLS LYRLTRNPKY LYRAKAFASF LLDKSEKLIS EGQMHGGDRP FSLFEGIGGM AYMLLDMNDP 401: TQALFPGYEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)