AT1G52690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Late embryogenesis abundant protein (LEA) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Late embryogenesis abundant protein (LEA) family protein; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Late embryogenesis abundant protein (LEA) family protein (TAIR:AT3G15670.1); Has 2929 Blast hits to 1441 proteins in 420 species: Archae - 10; Bacteria - 766; Metazoa - 298; Fungi - 136; Plants - 1347; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 356 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19619842..19620589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18101.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 169 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASHQEQSYK AGETRGKAQE KTGEAMGTMG DKTQAAKDKT QETAQSAQQK AHETAQSAKD KTSQAAQTTQ ERAQESKDKT GSYMSETGEA IKNKAHDAAE 101: YTKETAEAGK EKTSGILGQT GEQVKQMAMG ATDAVKHTLG LRTDEGNKEH VSSAPSTTTT TTTRETQRK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)