AT1G52400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta glucosidase 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of glycosyl hydrolase family 1, located in inducible ER bodies which were formed after wounding, required in inducible ER body formation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta glucosidase 18 (BGLU18); FUNCTIONS IN: abscisic acid glucose ester beta-glucosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, identical protein binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 1 (InterPro:IPR001360), Glycoside hydrolase, family 1, active site (InterPro:IPR018120), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta glucosidase 19 (TAIR:AT3G21370.1); Has 11362 Blast hits to 11017 proteins in 1473 species: Archae - 142; Bacteria - 7866; Metazoa - 708; Fungi - 200; Plants - 1449; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 997 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19515250..19517930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60462.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 528 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVRFEKVHLV LGLALVLTLV GAPTKAQGPV CGAGLPDKFS RLNFPEGFIW GTATAAFQVE GAVNEGCRGP SMWDTFTKKF PHRCENHNAD VAVDFYHRYK 101: EDIQLMKDLN TDAFRLSIAW PRIFPHGRMS KGISKVGVQF YHDLIDELLK NNIIPLVTVF HWDTPQDLED EYGGFLSGRI VQDFTEYANF TFHEYGHKVK 201: HWITFNEPWV FSRAGYDNGK KAPGRCSPYI PGYGQHCQDG RSGYEAYQVS HNLLLSHAYA VDAFRNCKQC AGGKIGIAHS PAWFEPQDLE HVGGSIERVL 301: DFILGWHLAP TTYGDYPQSM KDRVGHRLPK FTEAEKKLLK GSTDYVGMNY YTSVFAKEIS PDPKSPSWTT DSLVDWDSKS VDGYKIGSKP FNGKLDVYSK 401: GLRYLLKYIK DNYGDPEVII AENGYGEDLG EKHNDVNFGT QDHNRKYYIQ RHLLSMHDAI CKDKVNVTGY FVWSLMDNFE WQDGYKARFG LYYIDFQNNL 501: TRHQKVSGKW YSEFLKPQFP TSKLREEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)