AT1G52380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: intracellular transport; LOCATED IN: cytosol, nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran binding protein 1 (InterPro:IPR000156), Pleckstrin homology-type (InterPro:IPR011993), Nuclear pore complex, NUP2/50/61 (InterPro:IPR015007); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) protein (TAIR:AT3G15970.1); Has 1614 Blast hits to 1303 proteins in 238 species: Archae - 0; Bacteria - 48; Metazoa - 835; Fungi - 410; Plants - 179; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 139 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19509979..19511301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46594.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 440 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDSENVQQP SKKRGALKQL SRDNPGLDDD DDSAELESGT FKKASDEVLA SRRIVRVKRK EPSAAPVAAS NPFAGIQLVP TTAPASTPVG TNAPLAESKL 101: APAEAVVEDN QKASDIEEGD EVDSKKVDVK DAVGEETEKT KDKDDNHCGK SADVQVAATE VAQMVSCDTN VCNNAVEGTD QTDFPLEKDS GGDQAEKKEK 201: EGNGIEEADK NGDNGAFSSF QQHSSNKNAF TGLASTEASG SSFSFGLVSQ DGSTGTGSLF GFGLPSSNSS SIFGATGSSI IKKSEGSGFP PKQEVSTETG 301: EENEKVAFSA DSIMFEYLDG GWKERGKGEL KVNVSSNDGK ARLVMRAKGN YRLILNASLY PEMKLANMDK KGITFACVNS VSEGKEGLST FALKFKDPTI 401: VEEFRVAIDK HKDSKPMEKA AEKSALPLKT PENSPTATDT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)