AT1G52340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cytosolic short-chain dehydrogenase/reductase involved in the conversion of xanthoxin to ABA-aldehyde during ABA biosynthesis. Mutants are insensitive to sucrose and glucose. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ABA DEFICIENT 2 (ABA2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Glucose/ribitol dehydrogenase (InterPro:IPR002347), Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (InterPro:IPR002198); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein (TAIR:AT3G51680.1); Has 120353 Blast hits to 120130 proteins in 3578 species: Archae - 983; Bacteria - 78428; Metazoa - 5777; Fungi - 6239; Plants - 2770; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 26151 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19489997..19491527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30274.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 285 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTNTESSSY SSLPSQRLLG KVALITGGAT GIGESIVRLF HKHGAKVCIV DLQDDLGGEV CKSLLRGESK ETAFFIHGDV RVEDDISNAV DFAVKNFGTL 101: DILINNAGLC GAPCPDIRNY SLSEFEMTFD VNVKGAFLSM KHAARVMIPE KKGSIVSLCS VGGVVGGVGP HSYVGSKHAV LGLTRSVAAE LGQHGIRVNC 201: VSPYAVATKL ALAHLPEEER TEDAFVGFRN FAAANANLKG VELTVDDVAN AVLFLASDDS RYISGDNLMI DGGFTCTNHS FKVFR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)