AT1G51940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : protein kinase family protein / peptidoglycan-binding LysM domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
protein kinase family protein / peptidoglycan-binding LysM domain-containing protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, cell wall macromolecule catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Peptidoglycan-binding Lysin subgroup (InterPro:IPR002482), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chitin elicitor receptor kinase 1 (TAIR:AT3G21630.1); Has 117626 Blast hits to 116415 proteins in 4493 species: Archae - 110; Bacteria - 13527; Metazoa - 43649; Fungi - 10139; Plants - 32288; Viruses - 471; Other Eukaryotes - 17442 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19296092..19298941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71448.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 651 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNLTFYIFFL SLLPSFSSSK PMNCSDTTRL CSSFLAFKPN QNQSFSVIQS MFDVLPQDIT ADISGGYFFI KKNCSCLTTT HQYTTNTTFT IRQNVGYVYN 101: VTVSAYSGLA FPPNTTRAAR AGAVVSVQLL CGCSSGLWNY LMSYVAMAGD SVQSLSSRFG VSMDRIEDVN GILNLDNITA GDLLYIPLDS VPGEPYETSK 201: INPPAPSPAP ASSLANGNIS DDQVNHTAKS GSHVPYIWIV GGLGVVLALL VLCILVCICL RSSSCSSSEE DGNGHNFQIL RKSGFFCGSG RYNCCRSGDF 301: RQTNGETQVV AIPKALGDGM FEIEKPMVFT YEEIRAATDE FSDSNLLGHG NYGSVYFGLL REQEVAVKRM TATKTKEFAA EMKVLCKVHH SNLVELIGYA 401: ATVDELFVVY EYVRKGMLKS HLHDPQSKGN TPLSWIMRNQ IALDAARGLE YIHEHTKTHY VHRDIKTSNI LLDEAFRAKI SDFGLAKLVE KTGEGEISVT 501: KVVGTYGYLA PEYLSDGLAT SKSDIYAFGV VLFEIISGRE AVIRTEAIGT KNPERRPLAS IMLAVLKNSP DSMNMSSLKE FVDPNMMDLY PHDCLFKIAT 601: LAKQCVDDDP ILRPNMKQVV ISLSQILLSS IEWEATLAGN SQVFSGLVQG R |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)