AT1G50200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Alanyl-tRNA synthetase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Alanyl-tRNA synthetase (ALATS); FUNCTIONS IN: alanine-tRNA ligase activity, ligase activity, forming aminoacyl-tRNA and related compounds, nucleotide binding, nucleic acid binding, ATP binding; INVOLVED IN: alanyl-tRNA aminoacylation, response to cadmium ion; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain (InterPro:IPR018163), Alanyl-tRNA synthetase, class IIc (InterPro:IPR002318), Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, anti-codon-binding domain (InterPro:IPR018162), Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain (InterPro:IPR018165), Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD (InterPro:IPR012947), Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal (InterPro:IPR018164), Phosphoesterase, DHHA1 (InterPro:IPR003156); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Alanyl-tRNA synthetase, class IIc (TAIR:AT5G22800.1); Has 14725 Blast hits to 14601 proteins in 3159 species: Archae - 403; Bacteria - 7275; Metazoa - 708; Fungi - 195; Plants - 148; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:18591429..18598311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 110495.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1003 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MRLVKAASLL ISSTKPPSRV FYSSHLRRPF FSHFRFSSSS STSSSVAVMP GSEPSETQWP AKRVRDTYVD FFRGKGHKFW PSSPVVPHND PTLLFANAGM 0101: NQYKPIFLGT ADPNTELSKL SRACNTQKCI RAGGKHNDLD DVGKDTYHHT FFEMLGNWSF GDYFKKEAIE WAWELLTKVY GLPTDRIYAT YFGGDEKAGL 0201: QPDNEARDIW LKVLPSGRVL PFGCKDNFWE MGDTGPCGPC TEIHYDRIGN RDAASLVNND DPTCLEIWNL VFIQFNRESD GSLKPLPAKH VDTGMGFERL 0301: TSVLQNKMSN YDTDVFMPIF DDIQKATGAR PYSGKVGPED VDRVDMAYRV VADHIRTLSF AIADGSRPGN EGREYVLRRI LRRAVRYGKE ILKAEEGFFN 0401: GLVSSVIRVM GDVFTELKEH EKKITDIIKE EEASFCKTLA KGIEKFRKAG QAVQGNTLSG DDAFILWDTY GFPLDLTQLM AEERGLLVDV DGFNKAMEEA 0501: RERSRSAQNK QAGGAIVMDA DATSTLHKAG VSATDDSFKY IWFQDHESEL KAIYTGSTFL ESSAASDNVG LVLGSTSFYA EQGGQIFDTG LIEGSFGTFN 0601: VCNVQIFGGF VLHIGYLSKE TGEVSVGDKV ICKVDYERRK LIAPNHTCTH MLNYALKEVL GDHIDQKGSI VLPEKLRFDF SHGKPVDPED LRRIESIVNK 0701: QIKDELDVFS KEAVLSEAKR IKGLRAVFGE VYPDPVRVVS IGRKVEDLLA DPENNEWSLL SSEFCGGTHI TNTREAKAFA LLSEEGIAKG IRRVTAVTTE 0801: CAFDALNAAS LLEREVEDAS RAEGSALEKK VSALKSRVDA AIIPAAKKAD IRTKIASLQN EVRKAQKKIA EQNLKKSVKL ATEAAESAAS DGKTFCIIQL 0901: DVGLDAAAVR EAVSKVMEKK GMSIMVFSTD ESTNKAVVCA GVPEKSDQFK PLDVTEWLTT ALGPLKGRCG KGKGGLASGQ GTDASQVQAA LDMASSFASM 1001: KLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)