AT1G49210.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.856 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, 4 anthesis, LP.10 ten leaves visible, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G49200.1); Has 8754 Blast hits to 8731 proteins in 271 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2313; Fungi - 505; Plants - 4805; Viruses - 45; Other Eukaryotes - 1086 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18201994..18202671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 25185.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 225 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSANELPASA QSLQEQFLGS FVTRKLLLHD PFDHNSLRVF AVAPSPLITH ENNLKGNVLM LLSVLICGII CCLGLHYIIR CAFRRSSRFM ISEPISSLST 101: PRSSSNKGIK KKALRMFPVV SYSREMNLPG IGEECVICLS DFVSGEQLRL LPKCNHGFHV RCIDKWLQHH LTCPKCRHCL VETCQKILGD FSQADSMAST 201: PTESVIVRID PLEPEGRVNT FRESS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)