AT1G48790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : associated molecule with the SH3 domain of STAM 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
associated molecule with the SH3 domain of STAM 1 (AMSH1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mov34/MPN/PAD-1 (InterPro:IPR000555); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: associated molecule with the SH3 domain of STAM 3 (TAIR:AT4G16144.1); Has 1172 Blast hits to 1019 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 476; Fungi - 293; Plants - 278; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 125 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:18043925..18047427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57386.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 507 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSSFETIDI ATSARRIGVD NRISLKFYFR IADNILKQAN IFRAEKNVID LYVMLLRFSS LALETIPSHR DYRTSLKSNK EYLRMRLLDV LTELEKLKPV 101: VQQRIDELYP KLKPRYNVQA HPANGSLGWS SAVKPSFNSY DHAKVRNPPG HNSGYMGSRG QQFLNAAPLE ERFRKMSVNF RPNEETLSKH SILGPGGLSA 201: QWQPPKYDTK VQYPSNIDFS PVVIPSFQQL VDSKPMITNG SNDEPEKPIV EPSVASNEKI QKNYTEELSS MISFEEPESV NENNLIRQPS PPPVLAEVQD 301: LVPALCPEVR EPECMIENSL PDESLRSESP LELHIATSMM DTFMRLAKSN TKKNLETCGI LAGSLKNRKF YITALIIPKQ ESTSDSCQAT NEEEIFEVQD 401: KQSLFPLGWI HTHPTQSCFM SSIDVHTHYS YQIMLPEAVA IVMAPQDSSR NHGIFRLTTP GGMTVIRNCD RRGFHAHSSP EDGGPIYNTC KEVYMNPNLK 501: FDVIDLR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)