AT1G48160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : signal recognition particle 19 kDa protein, putative / SRP19, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
signal recognition particle 19 kDa protein, putative / SRP19, putative; FUNCTIONS IN: 7S RNA binding; INVOLVED IN: protein targeting, SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane; LOCATED IN: signal recognition particle, signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Signal recognition particle, SRP19 subunit (InterPro:IPR002778); Has 500 Blast hits to 499 proteins in 236 species: Archae - 81; Bacteria - 0; Metazoa - 158; Fungi - 144; Plants - 60; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 57 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:17786779..17788286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16274.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 145 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSGTINIKK WVVIYPVYIN SKKTVAEGRR ISVSKSCENP NCIEISDCCK HLKLPSAVEI DKAYPRDFMQ VGRVRVQLKR EDGTLLNPAI TSRKHLMQKI 101: AELVPRHPER VKKQEAQKAK KQEPQATTST SGTSSKSGKG GKKKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)