AT1G42970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes chloroplast localized glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase that can use both NADH and NADPH to reduce 1,3-diphosphate glycerate. It forms A2B2 heterotetramers with GapA forms of the GADPH enzyme. These complexes are active in the light under reducing conditions, but show reduced NADPH-dependent activity in response to oxidized thioredoxins and increased NAD(H)/NADP(H) ratios due to the formation of inactive A8B8 hexadecamers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B subunit (GAPB); FUNCTIONS IN: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) activity, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase subfamily (InterPro:IPR000173), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I (InterPro:IPR006424), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR020830), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain (InterPro:IPR020829), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain, subgroup (InterPro:IPR020832), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain (InterPro:IPR020828), Protein of unknown function CP12 (InterPro:IPR003823); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A subunit (TAIR:AT3G26650.1); Has 24904 Blast hits to 24897 proteins in 6198 species: Archae - 41; Bacteria - 10859; Metazoa - 2228; Fungi - 2814; Plants - 3753; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5209 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:16127552..16129584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47662.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 447 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATHAALAVS RIPVTQRLQS KSAIHSFPAQ CSSKRLEVAE FSGLRMSSIG GEASFFDAVA AQIIPKAVTT STPVRGETVA KLKVAINGFG RIGRNFLRCW 101: HGRKDSPLEV VVLNDSGGVK NASHLLKYDS MLGTFKAEVK IVDNETISVD GKLIKVVSNR DPLKLPWAEL GIDIVIEGTG VFVDGPGAGK HIQAGASKVI 201: ITAPAKGADI PTYVMGVNEQ DYGHDVANII SNASCTTNCL APFAKVLDEE FGIVKGTMTT THSYTGDQRL LDASHRDLRR ARAAALNIVP TSTGAAKAVS 301: LVLPQLKGKL NGIALRVPTP NVSVVDLVIN VEKKGLTAED VNEAFRKAAN GPMKGILDVC DAPLVSVDFR CSDVSTTIDS SLTMVMGDDM VKVVAWYDNE 401: WGYSQRVVDL AHLVASKWPG AEAVGSGDPL EDFCKTNPAD EECKVYD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)