AT1G33360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
onion epidermal cell layer (mitochondrial marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATP-dependent Clp protease | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes ClpX3, a subunit of the Clp protease complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATP-dependent Clp protease; FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, nucleoside-triphosphatase activity, ATPase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: protein folding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clp ATPase, C-terminal (InterPro:IPR019489), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-2 (InterPro:IPR013093), Clp protease, ATP-binding subunit ClpX (InterPro:IPR004487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CLP protease regulatory subunit X (TAIR:AT5G53350.1); Has 27211 Blast hits to 23373 proteins in 3012 species: Archae - 715; Bacteria - 14972; Metazoa - 1896; Fungi - 1201; Plants - 919; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 7502 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:12092111..12095789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71544.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 656 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGLWRLRNL KSLALHARSI SPVSNLYSLE LGSCPRRRIQ ERFKSEQGGG GGGGDDFPVP VTRRKLRAEP NCPRCSKQMD LLFSNRQFPS SNLLQRPDDS 101: DSSGAGDKTN FQSVNFCPTC KTAYGFNPRG VSPLQGTFIE IGRVQSPTTT TTNATTSKST RKQQQHSKDP NQGFNYRNKL RSSFWDTLRS YGAEPPEDWS 201: PPPPHSPLNS SPPNTIPVNA SPSAVDTSPL PDAVNDVSRW GGAGLGRDFP TPKEICKWLD KFVIGQSRAK KVLSVAVYNH YKRIYHTSMK KGSAAQPIDD 301: DDNVELDKSN VLLMGPTGSG KTLLAKTLAR LVNVPFVIAD ATTLTQAGYV GDDVESILHK LLTVAEFNVQ AAQQGIVYID EVDKITKKAE SLNISRDVSG 401: EGVQQALLKL LEGTIVNVPG KGARKHPRGD HIQIDTKDIL FICGGAFVDL EKTIVDRRQD SSIGFGAPVR ANMATSGVTS GAITSSLLES VESADLTAYG 501: LIPEFVGRFP ILVSLSALTE DQLIRVLVEP KNALGKQYKK LFSMNNVKLH FTEKALEIIS KQAMVKNTGA RGLRALLESI LTEAMFEIPD DKKGDERIDA 601: VIVDEESTSS EASRGCTAKI LRGDGAFERY LSENKSKDAT EPMVDERVGS AKAMRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)