AT1G32050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SCAMP family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SCAMP family protein; FUNCTIONS IN: transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: protein transport; LOCATED IN: mitochondrion, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SCAMP (InterPro:IPR007273); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: secretory carrier 3 (TAIR:AT1G61250.1); Has 679 Blast hits to 677 proteins in 107 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 375; Fungi - 14; Plants - 225; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:11528616..11530974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30061.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 264 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNRHHDPNPF DEDEEIVNPF SKGGGRVPAA SRPVEYGQSL DATVDIPLDN MNDSSQKQRK LADWEAELRK KEMDIKRREE AIAKFGVQID DKNWPPFFPI 101: IHHDIAKEIP VHAQKLQYLA FASWLGIVLC LVFNVIATMV CWIKGGGVKI FFLATIYALI GCPLSYVLWY RPLYRAMRTD SALKFGWFFF TYLIHIGFCI 201: VAAIAPPIFF HGKSLTGVLA AIDVISDSLL AGIFYFIGFG LFCLESLLSL WVLQKIYLYF RGNK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)