AT1G30960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GTP-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GTP-binding family protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, GTP binding; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology, prokaryotic type (InterPro:IPR009019), K Homology, type 2 (InterPro:IPR004044), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), GTP-binding protein Era (InterPro:IPR005662), GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917), K homology-like, alpha/beta (InterPro:IPR015946); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA binding;GTP binding (TAIR:AT5G66470.1); Has 21534 Blast hits to 19384 proteins in 2851 species: Archae - 72; Bacteria - 16256; Metazoa - 383; Fungi - 140; Plants - 214; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4469 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11037755..11039977 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49673.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKAFRSLRIL ISISRTTTKT TPRNPHQAQN FLRRFYSAQP NLDEPTSINE DGSSSDSVFD SSQYPIDDSN VDSVKKPKEA TWDKGYRERV NKAFFGNLTE 101: KGKVKVAEEE SSEDDEDSVD RSRILAKALL EAALESPDEE LGEGEVREED QKSLNVGIIG PPNAGKSSLT NFMVGTKVAA ASRKTNTTTH EVLGVLTKGD 201: TQVCFFDTPG LMLKKSGYGY KDIKARVQNA WTSVDLFDVL IVMFDVHRHL MSPDSRVVRL IKYMGEEENP KQKRVLCMNK VDLVEKKKDL LKVAEEFQDL 301: PAYERYFMIS GLKGSGVKDL SQYLMDQAVK KPWEEDAFTM SEEVLKNISL EVVRERLLDH VHQEIPYGLE HRLVDWKELR DGSLRIEQHL ITPKLSQRKI 401: LVGKGGCKIG RIGIEANEEL RRIMNRKVHL ILQVKLK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)