AT1G30810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transcription factor jumonji (jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Transcription factor jumonji (jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase (InterPro:IPR003347), FY-rich, C-terminal (InterPro:IPR003889), FY-rich, N-terminal (InterPro:IPR003888), Transcription factor jumonji, JmjN (InterPro:IPR003349), Zinc finger, C5HC2-type (InterPro:IPR004198), Transcription factor jumonji (InterPro:IPR013129), FY-rich, C-terminal subgroup (InterPro:IPR018516), FY-rich, N-terminal subgroup (InterPro:IPR018518); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transcription factor jumonji (jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein (TAIR:AT2G34880.1); Has 2138 Blast hits to 1613 proteins in 188 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 1141; Fungi - 449; Plants - 371; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 175 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10938139..10941505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 92813.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 819 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENPPLESEI KEDMSLKNHP PDKDKDKDTI MEQPSSPRHR KVVARWLPDE AQRPIINDAP VFTPSLEEFV DPLAYIEKIR PLAEPYGICR IIPPSTWKPP 101: CRLKEKSIWE QTKFPTRIQT VDLLQNREPM KKKPKSRKRK RRRNSRMGSS KRRSGSSPAE STSSPEAEEK FGFNSGSDFT LDEFEKYALH FKDSYFEKKD 201: SGGDIVKWTP SVDDIEGEYW RIVEQPTDEV EVYYGADLEN GVLGSGFYKR AEKFTGSDME QYTLSGWNLN NLPRLPGSVL SFEDCDISGV LVPWLYVGMC 301: FSSFCWHVED HHLYSLNYHH FGEPKVWYGV PGSNATALEK AMRKHLPDLF EEQPDLLHGL VTQFSPSILK DEGVQAYRVV QNSGEYVLTF PRAYHAGFNC 401: GFNCAEAVNV APVDWLAHGQ NAVELYSKET RKTSLSHDKL LLGAAYEAVK ALWELSASEG KENTTNLRWK SFCGKNGTLT NAIQARLQME EGRITALGRD 501: SSSLKKMEKD FDSNCERECF SCFYDLHLSA SGCKCSPEEY ACLKHADDLC SCDVKDGFIL LRYTMDELSS LVRALEGESD DLKIWASKVL GIEHSDEDQT 601: KTSSVISEEK KLKEGSFDLN IDLEMDYQED VKEEASTSGG ELTASENLGV SVEPINLGFL IFGKLWCNKY AIFPKGFRSR VKFYNVLDPT RMSNYISEVL 701: DAGLMGPLFR VTLEESPDES FFNVSAQQCW EMVMRRVKDT STSLGLPILP QFESINGLQM FGFLSPSIVQ AIEALDPNHR LVEYWNHKNQ TSSDSKDHFI 801: SSNCSASLTK GKLFGVDLM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)