AT1G30460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cleavage and polyadenylation specificity factor 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtCPSF30, the 30-KDa subunit of cleavage and polyadenylation specificity factor. AtCPSF30 is a probable processing endonuclease. Nucleus-localized RNA binding protein capable of interacting with itself and with calmodulin. Its RNA-binding activity is inhibited by calmodulin in a calcium-dependent fashion. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cleavage and polyadenylation specificity factor 30 (CPSF30); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), YTH domain (InterPro:IPR007275); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: YTH family protein (TAIR:AT4G11970.3); Has 12035 Blast hits to 8168 proteins in 547 species: Archae - 4; Bacteria - 678; Metazoa - 8047; Fungi - 1112; Plants - 779; Viruses - 126; Other Eukaryotes - 1289 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10771469..10775323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70018.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 631 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDADGLSFD FEGGLDSGPV QNTASVPVAP PENSSSAAVN VAPTYDHSSA TVAGAGRGRS FRQTVCRHWL RGLCMKGDAC GFLHQFDKAR MPICRFFRLY 101: GECREQDCVY KHTNEDIKEC NMYKLGFCPN GPDCRYRHAK LPGPPPPVEE VLQKIQQLTT YNYGTNRLYQ ARNVAPQLQD RPQGQVPMQG QPQESGNLQQ 201: QQQQQPQQSQ HQVSQTLIPN PADQTNRTSH PLPQGVNRYF VVKSNNRENF ELSVQQGVWA TQRSNEAKLN EAFDSVENVI LIFSVNRTRH FQGCAKMTSR 301: IGGYIGGGNW KHEHGTAQYG RNFSVKWLKL CELSFHKTRN LRNPYNENLP VKISRDCQEL EPSVGEQLAS LLYLEPDSEL MAISIAAEAK REEEKAKGVN 401: PESRAENPDI VPFEDNEEEE EEEDESEEEE ESMAGGPQGR GRGRGIMWPP QMPLGRGIRP MPGMGGFPLG VMGPGDAFPY GPGGYNGMPD PFGMGPRPFG 501: PYGPRFGGDF RGPVPGMMFP GRPPQQFPHG GYGMMGGGRG PHMGGMGNAP RGGRPMYYPP ATSSARPGPS NRKTPERSDE RGVSGDQQNQ DASHDMEQFE 601: VGNSLRNEES ESEDEDEAPR RSRHGEGKKR R |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)