AT1G29930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chlorophyll A/B binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Subunit of light-harvesting complex II (LHCII),which absorbs light and transfers energy to the photosynthetic reaction center. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chlorophyll A/B binding protein 1 (CAB1); FUNCTIONS IN: chlorophyll binding; INVOLVED IN: photosynthesis; LOCATED IN: light-harvesting complex, thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: guard cell, juvenile leaf, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chlorophyll A-B binding protein (InterPro:IPR001344); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chlorophyll A/B binding protein 3 (TAIR:AT1G29910.1); Has 2419 Blast hits to 2339 proteins in 222 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 2091; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 324 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:10478071..10478874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28242.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 267 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASTMALSS PAFAGKAVKL SPAASEVLGS GRVTMRKTVA KPKGPSGSPW YGSDRVKYLG PFSGESPSYL TGEFPGDYGW DTAGLSADPE TFARNRELEV 101: IHSRWAMLGA LGCVFPELLA RNGVKFGEAV WFKAGSQIFS DGGLDYLGNP SLVHAQSILA IWATQVILMG AVEGYRVAGN GPLGEAEDLL YPGGSFDPLG 201: LATDPEAFAE LKVKELKNGR LAMFSMFGFF VQAIVTGKGP IENLADHLAD PVNNNAWAFA TNFVPGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)