AT1G29880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.913 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glycyl-tRNA synthetase / glycine--tRNA ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
glycyl-tRNA synthetase / glycine--tRNA ligase; FUNCTIONS IN: glycine-tRNA ligase activity, nucleotide binding, aminoacyl-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, glycyl-tRNA aminoacylation; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ H/ P/ S), conserved domain (InterPro:IPR002314), Glycyl-tRNA synthetase, alpha2 dimer (InterPro:IPR002315), S15/NS1, RNA-binding (InterPro:IPR009068), Glycyl-tRNA synthetase, alpha2 dimer, C-terminal (InterPro:IPR018160), Anticodon-binding (InterPro:IPR004154), WHEP-TRS (InterPro:IPR000738), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tRNA synthetase class II (G, H, P and S) family protein (TAIR:AT1G29870.1); Has 6392 Blast hits to 4464 proteins in 1181 species: Archae - 269; Bacteria - 3324; Metazoa - 242; Fungi - 171; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2311 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10459662..10462781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 81948.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 729 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRIFSTFVFH RRQQIFNLRQ FQTTTILRNP ISIAPIQIPM DATEQSLRQS LSEKSSSVEA QGNAVRALKA SRAAKPEIDA AIEQLNKLKL EKSTVEKELQ 101: SIISSSGNGS LNREAFRKAV VNTLERRLFY IPSFKIYSGV AGLFDYGPPG CAIKSNVLSF WRQHFILEEN MLEVDCPCVT PEVVLKASGH VDKFTDLMVK 201: DEKTGTCYRA DHLLKDYCTE KLEKDLTISA EKAAELKDVL AVMEDFSPEQ LGAKIREYGI TAPDTKNPLS DPYPFNLMFQ TSIGPSGLIP GYMRPETAQG 301: IFVNFKDLYY YNGKKLPFAA AQIGQAFRNE ISPRQGLLRV REFTLAEIEH FVDPENKSHP KFSDVAKLEF LMFPREEQMS GQSAKKLCLG EAVAKGTVNN 401: ETLGYFIGRV YLFLTRLGID KERLRFRQHL ANEMAHYAAD CWDAEIESSY GWIECVGIAD RSAYDLRAHS DKSGTPLVAE EKFAEPKEVE KLVITPVKKE 501: LGLAFKGNQK NVVESLEAMN EEEAMEMKAT LESKGEVEFY VCTLKKSVNI KKNMVSISKE KKKEHQRVFT PSVIEPSFGI GRIIYCLYEH CFSTRPSKAG 601: DEQLNLFRFP PLVAPIKCTV FPLVQNQQFE EVAKVISKEL ASVGISHKID ITGTSIGKRY ARTDELGVPF AITVDSDTSV TIRERDSKDQ VRVTLKEAAS 701: VVSSVSEGKM TWQDVWATFP HHSSAAADE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)