AT1G29330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ER lumen protein retaining receptor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein similar in sequence to animal and yeast endoplasmic reticulum retention signal receptor. This protein can functionally complement the yeast homologue. Transcript is detected in flower buds, stems, root, and leaves. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ENDOPLASMIC RETICULUM RETENTION DEFECTIVE 2 (ERD2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ER lumen protein retaining receptor (InterPro:IPR000133); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: endoplasmic reticulum retention defective 2B (TAIR:AT3G25040.1); Has 909 Blast hits to 907 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 321; Fungi - 187; Plants - 229; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 172 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10258580..10260906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25205.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 215 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNIFRFAGDM SHLISVLILL LKIYATKSCA GISLKTQELY ALVFLTRYLD LFTDYVSLYN SIMKIVFIAS SLAIVWCMRR HPLVRRSYDK DLDTFRHQYV 101: VLACFVLGLI LNEKFTVQEV FWAFSIYLEA VAILPQLVLL QRSGNVDNLT GQYVVFLGAY RGLYIINWIY RYFTEDHFTR WIACVSGLVQ TALYADFFYY 201: YYISWKTNTK LKLPA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)