AT1G29040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
unknown protein; LOCATED IN: chloroplast, vacuole; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Conserved hypothetical protein CHP02058 (InterPro:IPR011719); Has 344 Blast hits to 344 proteins in 122 species: Archae - 2; Bacteria - 227; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 32; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 83 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:10134120..10135180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21440.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 198 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLSLISGSI HICAELRLRQ SPSCLTISSS RPKFLSSRSK QFSLDHFPQI SRPIKVIARS AMETTAETIT GGVPNNTMKL LFVEMGVGYD QHGQDVTSAA 101: MKACKNAISS NSIPAFRRGS IPGVSFGEMK LQIKLGVPHS LHQQLDLDKV KSIFPYGKIV NVEVVDGGLI CSSGVLVEEM GDTNEDCYIV NVAVYVGY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)