AT1G28440.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : HAESA-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HAESA-like 1 (HSL1); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway, protein amino acid phosphorylation; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein (TAIR:AT4G28490.1); Has 214855 Blast hits to 132793 proteins in 4138 species: Archae - 139; Bacteria - 23060; Metazoa - 65756; Fungi - 10225; Plants - 90032; Viruses - 401; Other Eukaryotes - 25242 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:9996914..10000171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 108936.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 996 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYLLFLFLLF PTVFSLNQDG FILQQVKLSL DDPDSYLSSW NSNDASPCRW SGVSCAGDFS SVTSVDLSSA NLAGPFPSVI CRLSNLAHLS LYNNSINSTL 101: PLNIAACKSL QTLDLSQNLL TGELPQTLAD IPTLVHLDLT GNNFSGDIPA SFGKFENLEV LSLVYNLLDG TIPPFLGNIS TLKMLNLSYN PFSPSRIPPE 201: FGNLTNLEVM WLTECHLVGQ IPDSLGQLSK LVDLDLALND LVGHIPPSLG GLTNVVQIEL YNNSLTGEIP PELGNLKSLR LLDASMNQLT GKIPDELCRV 301: PLESLNLYEN NLEGELPASI ALSPNLYEIR IFGNRLTGGL PKDLGLNSPL RWLDVSENEF SGDLPADLCA KGELEELLII HNSFSGVIPE SLADCRSLTR 401: IRLAYNRFSG SVPTGFWGLP HVNLLELVNN SFSGEISKSI GGASNLSLLI LSNNEFTGSL PEEIGSLDNL NQLSASGNKF SGSLPDSLMS LGELGTLDLH 501: GNQFSGELTS GIKSWKKLNE LNLADNEFTG KIPDEIGSLS VLNYLDLSGN MFSGKIPVSL QSLKLNQLNL SYNRLSGDLP PSLAKDMYKN SFIGNPGLCG 601: DIKGLCGSEN EAKKRGYVWL LRSIFVLAAM VLLAGVAWFY FKYRTFKKAR AMERSKWTLM SFHKLGFSEH EILESLDEDN VIGAGASGKV YKVVLTNGET 701: VAVKRLWTGS VKETGDCDPE KGYKPGVQDE AFEAEVETLG KIRHKNIVKL WCCCSTRDCK LLVYEYMPNG SLGDLLHSSK GGMLGWQTRF KIILDAAEGL 801: SYLHHDSVPP IVHRDIKSNN ILIDGDYGAR VADFGVAKAV DLTGKAPKSM SVIAGSCGYI APEYAYTLRV NEKSDIYSFG VVILEIVTRK RPVDPELGEK 901: DLVKWVCSTL DQKGIEHVID PKLDSCFKEE ISKILNVGLL CTSPLPINRP SMRRVVKMLQ EIGGGDEDSL HKIRDDKDGK LTPYYNEDTS DQGSIA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)