AT1G27980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : dihydrosphingosine phosphate lyase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
dihydrosphingosine phosphate lyase (DPL1); FUNCTIONS IN: pyridoxal phosphate binding, carboxy-lyase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: sphingolipid catabolic process, cellular amino acid metabolic process; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase (InterPro:IPR002129), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamate decarboxylase (TAIR:AT5G17330.1); Has 6215 Blast hits to 6205 proteins in 1686 species: Archae - 244; Bacteria - 4383; Metazoa - 292; Fungi - 491; Plants - 296; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 506 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:9748812..9752618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59481.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 544 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSFSYSSMK SMLIQARGSL NSRLSEFEPL VLLLVPLVSL FLAQIIGSVF GVVHEKGLKA CLIGFIMGLL KMIPGVQNYI DAEKQKVVDQ LQSGSSSKKK 101: NKTEVLPVKG LGVEVLEKME NEKRNDAIWQ GKCSGTVYIG GAESEGHFSL INQACSMFAH TNPLHIDVFQ SVVRFESEVV AMTAALLGSK ETASGGQICG 201: NMTSGGTESI VLAVKSSRDY MKYKKGITRP EMIIPESGHS AYDKAAQYFK IKLWRVPVDK DFRADVKATR RHINRNTIMI VGSAPGFPHG IIDPIEELGQ 301: LALSYGICFH VDLCLGGFVL PFARKLGYQI PPFDFSVQGV TSISVDVHKY GLAPKGTSTV LYRNHEIRKH QFVAVTEWSG GLYVSPTIAG SRPGSLVAGA 401: WAAMMSLGEE GYLQNTSKIM EASKRLEEGV REIHELFVIG KPDMTIVAFG SKALDIFEVN DIMSSKGWHL NALQRPNSIH ICITLQHVPV VDDFLRDLRE 501: AVETVKANPG PITGGLAPIY GAAGKMPDRG MVNELLVSFM DSQY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)