AT1G27050.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox protein 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeodomain leucine zipper class I (HD-Zip I) protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeobox protein 54 (HB54); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); Has 5308 Blast hits to 5298 proteins in 368 species: Archae - 2; Bacteria - 4; Metazoa - 3484; Fungi - 119; Plants - 1607; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 92 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:9393706..9394408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22454.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 205 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRKRDKPYT NRHTPARISK RRRPWAPSSS EHDEIIDKPI TKPPPPPALV VMGLPANCSV LELKSRFEIY GSISRIRIHK DGIGSVSYRT AESAEAAIAG 101: SHEPSFGISI DSKKLEVVWA TDPLVKWKEG VTAGEGKERT SSFSSKLLRP VMPLRKHGRS SRLASAIVNP RSDNTKGISG DGGISSPATT SEVKQRNIVT 201: YDDIV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)