AT1G26230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP-1/cpn60 chaperonin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TCP-1/cpn60 chaperonin family protein; FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: protein refolding, cellular protein metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chaperonin Cpn60/TCP-1 (InterPro:IPR002423), Chaperonin Cpn60 (InterPro:IPR001844); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chaperonin 60 beta (TAIR:AT1G55490.2); Has 34077 Blast hits to 34022 proteins in 8740 species: Archae - 776; Bacteria - 21861; Metazoa - 1711; Fungi - 1609; Plants - 849; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 7269 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9072388..9075272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66800.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 611 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFSQAALSA LPLSDRTFRK KPSSSSSSSP NFVLRVRAAA KEVHFNRDGS VTKKLQAGAD MVAKLLGVTL GPKGRNVVLQ NKYGPPRIVN DGETVLKEIE 101: LEDPLENVGV KLVRQAGAKT NDLAGDGSTT SIILAHGLIT EGIKVISAGT NPIQVARGIE KTTKALVLEL KSMSREIEDH ELAHVAAVSA GNDYEVGNMI 201: SNAFQQVGRT GVVTIEKGKY LVNNLEIVEG MQFNRGYLSP YFVTDRRKRE AEFHDCKLLL VDKKITNPKD MFKILDSAVK EEFPVLIVAE DIEQDALAPV 301: IRNKLKGNLK VAAIKAPAFG ERKSHCLDDL AIFTGATVIR DEMGLSLEKA GKEVLGTAKR VLVTKDSTLI VTNGFTQKAV DERVSQIKNL IENTEENFQK 401: KILNERVARL SGGIAIIQVG ALTQVELKDK QLKVEDALNA TKSAIEEGIV VGGGCALLRL ATKVDRIKET LDNTEQKIGA EIFKKALSYP IRLIAKNADT 501: NGNIVIEKVL SNKNTMYGYN AAKNQYEDLM LAGIIDPTKV VRCCLEHASS VAQTFLTSDC VVVEIKEIKP RPIINPPLPT SSPATSSMFP DRKLPRFPQI 601: MPRTRSHFPR K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)