AT1G25530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transmembrane amino acid transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Transmembrane amino acid transporter family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid transporter, transmembrane (InterPro:IPR013057); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lysine histidine transporter 1 (TAIR:AT5G40780.1); Has 3229 Blast hits to 3219 proteins in 255 species: Archae - 4; Bacteria - 28; Metazoa - 882; Fungi - 529; Plants - 1538; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 248 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8964827..8967391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48818.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 440 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSSSPVSPS KETDRKSGEK WTAEDPSRPA KWWYSTFHTV TAMIGAGVLS LPYAMAYLGW GPGTFVLAMT WGLTLNTMWQ MVQLHECVPG TRFDRYIDLG 101: RYAFGPKLGP WIVLPQQLIV QVGCNIVYMV TGGKCLKQFV EITCSTCTPV RQSYWILGFG GVHFILSQLP NFNSVAGVSL AAAVMSLCYS TIAWGGSIAH 201: GRVPDVSYDY KATNPGDFTF RVFNALGQIS FAFAGHAVAL EIQATMPSTP ERPSKVPMWQ GVIGAYVVNA VCYFPVALIC YWAFGQDVDD NVLMNLQRPA 301: WLIAAANLMV VVHVIGSYQV FAMPVFDLLE RMMVNKFGFK HGVVLRFFTR TIYVAFTLFI GVSFPFFGDL LGFFGGFGFA PTSFFLPSIM WLIIKKPRRF 401: SVTWFVNWIS IIVGVFIMLA STIGGLRNII ADSSTYSFYA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)