AT1G25450.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : 3-ketoacyl-CoA synthase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes KCS5, a member of the 3-ketoacyl-CoA synthase family involved in the biosynthesis of VLCFA (very long chain fatty acids). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
3-ketoacyl-CoA synthase 5 (KCS5); FUNCTIONS IN: fatty acid elongase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thiolase-like (InterPro:IPR016039), Very-long-chain 3-ketoacyl-CoA synthase (InterPro:IPR012392), 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (InterPro:IPR013747), FAE1/Type III polyketide synthase-like protein (InterPro:IPR013601), Thiolase-like, subgroup (InterPro:IPR016038); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 3-ketoacyl-CoA synthase 6 (TAIR:AT1G68530.1); Has 4033 Blast hits to 4019 proteins in 981 species: Archae - 0; Bacteria - 1511; Metazoa - 0; Fungi - 25; Plants - 2349; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 148 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8938679..8940282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55656.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 492 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDFSSSVKL KYVKLGYQYL INNFLTLLLI PVIATVAIEL LRMGPEEILS VLNSLHFELL HILCSSFLII FVSTVYFMSK PRTVYLVDYS CYKPPVTCRV 101: PFSSFMEHSR LILKDNPKSV EFQMRILERS GLGEETCLPP AIHYIPPTPT MESARNEAQM VIFTAMEDLF KNTGLKPKDI DILIVNCSLF SPTPSLSAMI 201: INKYKLRSNI KSYNLSGMGC SASLISVDVA RDLLQVHPNS NAIIISTEII TPNYYKGNER AMLLPNCLFR MGGAAILLSN RRSDRWRAKY KLCHLVRTHR 301: GADDKSYNCV MEQEDKNGNV GINLSKDLMT IAGEALKANI TTIGPLVLPA SEQLLFLSSL IGRKIFNPKW KPYIPDFKQA FEHFCIHAGG RAVIDELQKN 401: LQLSGEHVEA SRMTLHRFGN TSSSSLWYEL SYIEAQGRMK RNDRVWQIAF GSGFKCNSAV WKCNRTIKTP TDGAWSDCIE RYPVFIPEVV KL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)