AT1G24140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Matrixin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Matrixin family protein; FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, metalloendopeptidase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: proteolysis, metabolic process; LOCATED IN: anchored to membrane; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M10, metallopeptidase (InterPro:IPR001818), Peptidoglycan binding-like (InterPro:IPR002477), Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site (InterPro:IPR021158), Peptidase M10A, matrix metallopeptidase (InterPro:IPR021190), Peptidase, metallopeptidase (InterPro:IPR006026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: matrix metalloproteinase (TAIR:AT1G70170.1); Has 2621 Blast hits to 2428 proteins in 195 species: Archae - 3; Bacteria - 89; Metazoa - 2200; Fungi - 4; Plants - 185; Viruses - 42; Other Eukaryotes - 98 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8536131..8537285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43019.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 384 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVRICVFMVF LLFFAPSPVS AGFYTNSSAI PPQLLRNATG NPWNSFLNFT GCHAGKKYDG LYMLKQYFQH FGYITETNLS GNFTDDFDDI LKNAVEMYQR 101: NFQLNVTGVL DELTLKHVVI PRCGNPDVVN GTSTMHSGRK TFEVSFAGRG QRFHAVKHYS FFPGEPRWPR NRRDLTYAFD PRNALTEEVK SVFSRAFTRW 201: EEVTPLTFTR VERFSTSDIS IGFYSGEHGD GEPFDGPMRT LAHAFSPPTG HFHLDGEENW IVSGEGGDGF ISVSEAVDLE SVAVHEIGHL LGLGHSSVEG 301: SIMYPTIRTG RRKVDLTTDD VEGVQYLYGA NPNFNGSRSP PPSTQQRDTG DSGAPGRSDG SRSVLTNLLQ YYFWIIFGLF LYLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)