AT1G23860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RS-containing zinc finger protein 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a 9G8-like serine-arginine rich (SR) protein that interacts in vivo with U1-70K, a U1 small nuclear ribonucleoprotein 70-kDa protein that is involved in nuclear precursor mRNA processing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RS-containing zinc finger protein 21 (RSZP21); FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: nuclear mRNA splicing, via spliceosome; LOCATED IN: nuclear speck, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine/arginine-rich 22 (TAIR:AT4G31580.2); Has 6291 Blast hits to 5531 proteins in 385 species: Archae - 0; Bacteria - 201; Metazoa - 3437; Fungi - 488; Plants - 1566; Viruses - 48; Other Eukaryotes - 551 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8428091..8429164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21538.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 187 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTRVYVGNLD PRVTERELED EFKAFGVLRN VWVARRPPGY AFLEFDDERD ALDAISALDR KNGWRVELSH KDKGGRGGGG GRRGGIEDSK CYECGELGHF 101: ARECRRGRGS VRRRSPSPRR RRSPDYGYAR RSISPRGRRS PPRRRSVTPP RRGRSYSRSP PYRGSRRDSP RRRDSPYGRR SPYANGV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)