AT1G23390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Kelch repeat-containing F-box family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Kelch repeat-containing F-box family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT3G24760.1); Has 146 Blast hits to 146 proteins in 15 species: Archae - 0; Bacteria - 1; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 143; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8309449..8310633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43880.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 394 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKKKNNNNG GDFGEEESSI DGDILESILS YLPLLDLDSA CQVSKSWNRA VFYSLRRLKT MPWLFVYNQR NSPPYTMATM AMAYDPKSEA WIELNTASSP 101: VEHVSVARSS HSTLLYALSP ARFSFSTDAF HLTWQHVAPP RVWRIDPIVA VVGRSLIIAG GVCDFEEDRF AVELFDIESG DGAWERCESM PDFLYESASS 201: TWLSVAVSSE KMYVTEKRSG VTCSFNPVTR SWTKLLDLCP GECSLYSRSI GFSVNRLIMA GIIGDEYNPT GIELWEVIDS DESHLKFESI GSMPETYLEK 301: LRGINSDWPL TSIVLNAVGD MVYVHGAAEN GGEIVAAEIE GGKLCKWRTL PNADATWKKS HAAERVIVAC SNVGFSDLKL AFRNNLSFLS TSKY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)