AT1G23320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.910 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tryptophan aminotransferase related 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to the TAA1 trytophan aminotransferase involved in IAA biosynthesis. This gene appears to be expressed at a very low level during seedling development. Triple mutant analyses implicate this gene in embryonic development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tryptophan aminotransferase related 1 (TAR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421), Allinase, C-terminal (InterPro:IPR006948); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tryptophan aminotransferase of Arabidopsis 1 (TAIR:AT1G70560.1); Has 469 Blast hits to 469 proteins in 155 species: Archae - 22; Bacteria - 229; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 199; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8273423..8275350 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44066.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 388 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMVGCENSKK SDSGSNEDKS LSDDIINLDQ GDPTAFQEYW MKKKDRCTVV IPAWDLMSYF SDTKNVCWFL EPELEKAIKA LHGAIGNAAT EERYIVVGTG 101: SSQLCQAALF ALSSLSEVKP VSIVAAVPYY STYVEEASYL QSTLYKWEGD ARTFDKKGPY IELVTSPNNP DGIMREPVVN RREGGKVIHD LAYYWPHYTP 201: ITRRQDHDLM LFTFSKITGH AGSRIGWALV KDIEVAKKMV HYLTINSIGV SKESQTRATT ILNELTKTCR TQSESFFEYG YEKMKSRWER LREVVESGDA 301: FTLPNYPQDF CNFFGKTLST SPAFAWLGYK EERDLGSLLK EKKVLTRGGD RCGCNKRYVR VSMLSRDDDF DVSLQRLATI KDLKCVEP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)