AT1G22840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CYTOCHROME C-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cytochrome c. Contains two site II (TGGGCC/T) elements, which interact with a TCP-domain transcription factor, and a downstream internal telomeric repeat, and are required for expression of the Cytc-1 gene. Promoter directs preferential expression in root and shoot meristems and in anthers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CYTOCHROME C-1 (CYTC-1); FUNCTIONS IN: electron carrier activity, copper ion binding; INVOLVED IN: cell proliferation; LOCATED IN: mitochondrion, plasma membrane; EXPRESSED IN: 31 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome c, class IA/ IB (InterPro:IPR002327), Cytochrome c, class I (InterPro:IPR003088), Cytochrome c domain (InterPro:IPR009056); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytochrome c-2 (TAIR:AT4G10040.1); Has 4039 Blast hits to 4017 proteins in 749 species: Archae - 0; Bacteria - 1490; Metazoa - 642; Fungi - 252; Plants - 160; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1495 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8079384..8080286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 12394.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 114 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASFDEAPPG NAKAGEKIFR TKCAQCHTVE AGAGHKQGPN LNGLFGRQSG TTAGYSYSAA NKNKAVEWEE KALYDYLLNP KKYIPGTKMV FPGLKKPQDR 101: ADLIAYLKES TAPK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)