AT1G21380.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.403 cytosol 0.378 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Target of Myb protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Target of Myb protein 1; FUNCTIONS IN: protein transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, intra-Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: Golgi stack, intracellular; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VHS (InterPro:IPR002014), Target of Myb protein 1 (InterPro:IPR014645), GAT (InterPro:IPR004152), VHS subgroup (InterPro:IPR018205), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Target of Myb protein 1 (TAIR:AT1G76970.1); Has 1707 Blast hits to 1699 proteins in 198 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 892; Fungi - 452; Plants - 279; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 78 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:7485806..7488032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55794.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 506 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANNAAACAE RATNDMLIGP DWAINIELCD IINMEPSQAK EAVKVLKKRL GSKNSKVQIL ALYALETLSK NCGESVYQLI VDRDILPDMV KIVKKKPDLT 101: VREKILSLLD TWQEAFGGSG GRFPQYYNAY NELRSAGIEF PPRTESSVPF FTPPQTQPIV AQATASDEDA AIQASLQSDD ASALSMEEIQ SAQGSVDVLT 201: DMLGALDPSH PEGLKEELIV DLVEQCRTYQ RRVMALVNTT SDEELMCQGL ALNDNLQRVL QHHDDKAKGN SVPATAPTPI PLVSINHDDD DDESDDDFLQ 301: LAHRSKRESA RGTGQGNFNP ILPPPPSSMR PVHVDSGAMD FLSGDVYKPQ ETFENVKPPS TSQSSNHDYS APIFDEPVPQ SKSPEHALFT KPVYDQTEQL 401: PPAPWETQEP RKYPPSMSAR TNKRPEYFQH NVPQHSSSAS ESSYDDLLGQ SRNLSLNPTA SAAPVTPPKK DDKPEDILFK DLMDFAKTRT SSSSSSKPNN 501: QNNKPF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)