AT1G20010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tubulin beta-5 chain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
beta tubulin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubulin beta-5 chain (TUB5); FUNCTIONS IN: structural constituent of cytoskeleton; INVOLVED IN: microtubule-based process; LOCATED IN: tubulin complex, cell wall, plasma membrane, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Beta tubulin (InterPro:IPR002453), Tubulin (InterPro:IPR000217), Tubulin/FtsZ, GTPase domain (InterPro:IPR003008), Tubulin/FtsZ, N-terminal (InterPro:IPR019746), Tubulin/FtsZ, C-terminal (InterPro:IPR008280), Beta tubulin, autoregulation binding site (InterPro:IPR013838), Tubulin, conserved site (InterPro:IPR017975), Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain (InterPro:IPR018316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubulin beta-1 chain (TAIR:AT1G75780.1); Has 23676 Blast hits to 23579 proteins in 4895 species: Archae - 37; Bacteria - 47; Metazoa - 4468; Fungi - 14216; Plants - 1551; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3357 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6938033..6940481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50345.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 449 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MREILHIQGG QCGNQIGSKF WEVICDEHGI DSTGRYSGDT ADLQLERINV YYNEASGGRY VPRAVLMDLE PGTMDSIRSG PFGQIFRPDN FVFGQSGAGN 101: NWAKGHYTEG AELIDAVLDV VRKEAENCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY PDRMMLTFSV FPSPKVSDTV VEPYNATLSV HQLVENADEC 201: MVLDNEALYD ICFRTLKLST PSFGDLNHLI SATMSGVTCS LRFPGQLNSD LRKLAVNLIP FPRLHFFMVG FAPLTSRGSQ QYISLTVPEL TQQMWDSKNM 301: MCAADPRHGR YLTASAIFRG QMSTKEVDEQ ILNIQNKNSS YFVEWIPNNV KSSVCDIPPK GLKMAATFVG NSTSIQEMFR RVSEQFTAMF RRKAFLHWYT 401: GEGMDEMEFT EAESNMNDLV AEYQQYQDAT ADEEGEYDVE EEEEGDYET |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)