AT1G19890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : male-gamete-specific histone H3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
histone 3.3, male-gamete-specific expression | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
male-gamete-specific histone H3 (MGH3); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: double fertilization forming a zygote and endosperm; LOCATED IN: generative cell nucleus, nucleus; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, K second mitotic division stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H3 (InterPro:IPR000164), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Histone superfamily protein (TAIR:AT4G40030.2); Has 14587 Blast hits to 14579 proteins in 7249 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 10590; Fungi - 2033; Plants - 1270; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 694 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6905034..6905792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15726.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 137 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARTKQTARK STGGKGPRKE LATKAARKTR RPYRGGVKRA HRFRPGTVAL REIRKYQKST DLLIRKLPFQ RLVREIAQDF KVDLRFQSHA VLALQEAAEA 101: YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMSKDIQLAR RIRGERA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)