AT1G18870.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : isochorismate synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with isochorismate synthase activity involved in phylloquinone biosynthesis. Mutant studies of this gene's function suggest that its function is redundant with that of ICS1 (AT1G7410). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isochorismate synthase 2 (ICS2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chorismate binding, C-terminal (InterPro:IPR015890), ADC synthase (InterPro:IPR005801), Isochorismate synthase (InterPro:IPR004561); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ADC synthase superfamily protein (TAIR:AT1G74710.1); Has 14372 Blast hits to 14368 proteins in 2522 species: Archae - 246; Bacteria - 10572; Metazoa - 5; Fungi - 239; Plants - 212; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3098 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6515486..6519176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62389.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 562 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLQCSFHF LGTNPKKYNP SSIFQSYSRT SFTKLSSRVS RQRFLRCTLS MNGCEADHKA PLGTVETRTL STVPSPAAAT ERLITAVSDL KSQPPPFSSG 101: IVRLQVPIEQ KIGAIDWLHA QNEILPRSFF SRRSDSGRPD LLQDFSSDNG SSDHNPVSVA GIGSAVFFRD LDPFSHDDWR SIRRFLSSKS PLIRAYGGLR 201: FDPTGKIAVE WEHFGSFYFT VPQVEFDEFG GSSMLAATVA WDNELSWTLE NAIEALQETM LQVSSVIMRL RRESLGVIVV SKNHVPSEGA YYPAVNNALE 301: IIKDKHSPLS KVVLARSSRI ITDTDIDPIA WLARLQCEGQ DAYQFCLQPP GAPAFIGNTP ERLFHRKHLG VCSEALAATR PRGDSKVREM EIERDLLTSP 401: KDDLEFSIVR ENIREKLKTI CDRVVVKPHK SVRKLARVQH LYSQLAGQLK REDDEFNILT ALHPTPAVCG CPVEEARLLI KQIESFDRGM YAGPIGFFGG 501: GESEFSVGIR SALVEKGLGA LIYAGTGIVS GSNPSSEWNE LELKISQFTK SLEHESALQP IN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)