AT1G18140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, a member of laccase family of genes (with 17 members in Arabidopsis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 1 (LAC1); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, lignin catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: laccase 17 (TAIR:AT5G60020.1); Has 10262 Blast hits to 8380 proteins in 1481 species: Archae - 46; Bacteria - 4149; Metazoa - 461; Fungi - 3664; Plants - 1564; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 378 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6238986..6241393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65232.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 581 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENLGFLIIS TFLLLFTTLL PYSSASTTRR FHFNVEWKKV TRLCHTKQLL TVNGQYPGPT VAVHEGDIVE IKVTNRIAHN TTIHWHGLRQ YRTGWADGPA 101: YITQCPIRSK QSYTYRFKVE DQRGTLLWHA HHSWQRASVY GAFIIYPRQP YPFSGSHIQS EIPIILGEWW NDDVDNVEKA MMKTGAGAKV SDAYTLNGLP 201: GPLYPCSTKD TFTATVDAGK TYILRIINAA LNNELFVAVA NHTLTVVEVD AVYTKPVHTK AIMIAPGQTT TLLLRADQLS GGEFLIAATP YVTSVFPFNN 301: STTVGFIRYT GKTKPENSVN TRRRRRLTAM STVVALPNML DTKFATKFSD SIKSLGSAKY PCKVPTKIDK RVITTISLNL QDCPLNQTCD GYAGKRFFAS 401: MNNISFVRPP ISILESYYKK QSKGVFSLDF PEKPPNRFDF TGVDPVSENM NTEFGTKLFE VEFGSRLEIV FQGTSFLNIE NHPLHVHGHN FFVVGRGFGN 501: FDPEKDPKRY NLVDPPERNT FAVPTGGWAA IRINADNPGV WFIHCHLEQH TSWGLAMGFI VKDGPLPSQT LLPPPHDLPQ C |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)