AT1G17960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.728 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Threonyl-tRNA synthetase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Threonyl-tRNA synthetase; FUNCTIONS IN: nucleotide binding, aminoacyl-tRNA ligase activity, threonine-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: threonyl-tRNA aminoacylation, translation, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: inflorescence meristem, root, pedicel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain (InterPro:IPR018163), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ H/ P/ S), conserved domain (InterPro:IPR002314), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195), TGS-like (InterPro:IPR012676), TGS (InterPro:IPR004095), Anticodon-binding (InterPro:IPR004154), Threonyl-tRNA synthetase, class IIa, conserved region (InterPro:IPR018158); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Threonyl-tRNA synthetase (TAIR:AT5G26830.1); Has 16132 Blast hits to 11197 proteins in 2892 species: Archae - 329; Bacteria - 9775; Metazoa - 548; Fungi - 378; Plants - 140; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4962 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6181015..6183737 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52439.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 458 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANNHHPKDE AYLSSVIPKR IRLFEEIQAE QLEQLQSRPH DPIKITLLPD GIEKEGRRWE TSPMDIAVQI SKGLAKSALV SSVNHVLWDM NRPLEGDCSL 101: EIFGFDSDQG RNTFWHSSAH ILGQALEQEY GCKLCIGPCE PRDEGFYYDS LYYGELGLND NHFPNIEAKL PIRMAEFGVL HRNEDSGALG GMTRVRRFVQ 201: DDAHIFCRVD QVEEEVKGVL DFIDYVYRIF GFTYELTLST RPKDHIGDLE TWAKAENDLE KALDDFGKPW VIKEGDGAFY GPKIDITVSD ARNRKFQCAT 301: IQLDFQLPAC FKLKYLSEKN EMEAPVMIHS AVLGSIERMF AILLEHYKGI WPFWLSPRQA IVCSLSEDCS SYAKQVQKQI NEVGYYVDID ESDRSLRKKV 401: ADARDAPYNY ILVVGQKEVA TGQVTVRLRE DPEGRKDLPE MSIESLLDEF KFKTVNFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)