AT1G17380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : jasmonate-zim-domain protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
jasmonate-zim-domain protein 5 (JAZ5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tify (InterPro:IPR010399), CCT domain-like (InterPro:IPR018467); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: jasmonate-zim-domain protein 6 (TAIR:AT1G72450.1); Has 301 Blast hits to 296 proteins in 28 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 301; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5955654..5957070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30344.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 274 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSNENAKA QAPEKSDFTR RCSLLSRYLK EKGSFGNIDL GLYRKPDSSL ALPGKFDPPG KQNAMHKAGH SKGEPSTSSG GKVKDVADLS ESQPGSSQLT 101: IFFGGKVLVY NEFPVDKAKE IMEVAKQAKP VTEINIQTPI NDENNNNKSS MVLPDLNEPT DNNHLTKEQQ QQQEQNQIVE RIARRASLHR FFAKRKDRAV 201: ARAPYQVNQN AGHHRYPPKP EIVTGQPLEA GQSSQRPPDN AIGQTMAHIK SDGDKDDIMK IEEGQSSKDL DLRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)