AT1G15390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peptide deformylase 1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a peptide deformylase-like protein. Removes N-formyl groups, a prerequisite for the action of methionine aminopeptidase during protein synthesis. Targeted to mitochondria. Requires Zn for catalysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peptide deformylase 1A (PDF1A); FUNCTIONS IN: peptide deformylase activity; INVOLVED IN: translation, co-translational protein modification; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Formylmethionine deformylase (InterPro:IPR000181); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peptide deformylase 1B (TAIR:AT5G14660.2); Has 10999 Blast hits to 10999 proteins in 2667 species: Archae - 4; Bacteria - 8033; Metazoa - 124; Fungi - 0; Plants - 109; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2727 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5294653..5295625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29997.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 269 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLHRDEATA METLFRVSLR LLPVSAAVTC RSIRFPVSRP GSSHLLNRKL YNLPTSSSSS LSTKAGWLLG LGEKKKKVDL PEIVASGDPV LHEKAREVDP 101: GEIGSERIQK IIDDMIKVMR LAPGVGLAAP QIGVPLRIIV LEDTKEYISY APKEEILAQE RRHFDLMVMV NPVLKERSNK KALFFEGCLS VDGFRAAVER 201: YLEVVVTGYD RQGKRIEVNA SGWQARILQH ECDHLDGNLY VDKMVPRTFR TVDNLDLPLA EGCPKLGPQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)