AT1G15250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc-binding ribosomal protein family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc-binding ribosomal protein family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: ribosome, cytosolic large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L37e, conserved site (InterPro:IPR018267), Ribosomal protein, zinc-binding domain (InterPro:IPR011332), Ribosomal protein L37ae/L37e, N-terminal domain (InterPro:IPR011331), Ribosomal protein L37e (InterPro:IPR001569); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc-binding ribosomal protein family protein (TAIR:AT3G16080.1); Has 993 Blast hits to 993 proteins in 346 species: Archae - 293; Bacteria - 0; Metazoa - 305; Fungi - 141; Plants - 122; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 132 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5248825..5249381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 10817.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 95 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MGKGTGSFGK RRNKSHTLCV RCGRRSFHIQ KSRCSACAYP AARKRTYNWS VKAIRRKTTG TGRMRYLRNV PRRFKTCFRE GTQATPRNKA AASSS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)