AT1G14900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : high mobility group A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein belonging to the subgroup of HMGA (high mobility group A) proteins that interact with A/T-rich stretches of DNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
high mobility group A (HMGA); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, nucleosome assembly; LOCATED IN: cytosol, nuclear chromatin, nucleus; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), A.T hook-like (InterPro:IPR020478), AT hook, DNA-binding motif (InterPro:IPR017956), High mobility group, HMG-I/HMG-Y (InterPro:IPR000116), Histone H1/H5 (InterPro:IPR005818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: winged-helix DNA-binding transcription factor family protein (TAIR:AT3G18035.1); Has 1377 Blast hits to 1228 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 119; Metazoa - 428; Fungi - 179; Plants - 544; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 98 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5138665..5139353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22012.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFDLHHGSA SDTHSSELPS FSLPPYPQMI MEAIESLNDK NGCNKTTIAK HIESTQQTLP PSHMTLLSYH LNQMKKTGQL IMVKNNYMKP DPDAPPKRGR 101: GRPPKQKTQA ESDAAAAAVV AATVVSTDPP RSRGRPPKPK DPSEPPQEKV ITGSGRPRGR PPKRPRTDSE TVAAPEPAAQ ATGERRGRGR PPKVKPTVVA 201: PVGC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)