AT1G14720.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Glycoside Hydrolase Family 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 28 (XTH28); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on glycosyl bonds, xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity; INVOLVED IN: fruit development, stamen filament development; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, apoplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (InterPro:IPR016455), Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal (InterPro:IPR010713), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Glycoside hydrolase, family 16 (InterPro:IPR000757); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: endoxyloglucan transferase A3 (TAIR:AT2G01850.1); Has 2041 Blast hits to 2031 proteins in 289 species: Archae - 0; Bacteria - 238; Metazoa - 0; Fungi - 395; Plants - 1341; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 67 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5066806..5068466 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38254.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGFITRFLVF MSLFTSLVSG FALQKLPLIQ FDEGYTQLFG DQNLIVHRDG KSVRLTLDER TGSGFVSNDI YLHGFFSSSI KLPADYSAGV VIAFYLSNGD 101: LYEKNHDEID FEFLGNIRGR EWRIQTNIYG NGSTHLGREE RYNLWFDPTE DFHQYSILWS LSHIIFYVDN VPIREVKRTA SMGGDFPAKP MSLYSTIWDG 201: SKWATDGGKY GVNYKYAPYV SQFTDLILHG CAVDPTEKFP SCKDEAVQNL RLASEITESQ RNKMEIFRQK HMTYSYCYDH MRYKVVLSEC VVNPAEAKRL 301: RVYDPVTFGG IPHGHRRGKH RSRSRLARTE SI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)