AT1G14410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ssDNA-binding transcriptional regulator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homolog of the potato p24 protein. Binds single strand telomeric repeats. Negatively regulates telomerase activity and telomere length. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WHIRLY 1 (WHY1); FUNCTIONS IN: DNA binding, telomeric DNA binding; INVOLVED IN: negative regulation of telomere maintenance via telomerase, defense response; LOCATED IN: plastid chromosome, chloroplast, nucleoid, telomerase holoenzyme complex; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ssDNA-binding transcriptional regulator (InterPro:IPR009044), Plant transcription factor (InterPro:IPR013742); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ssDNA-binding transcriptional regulator (TAIR:AT2G02740.2); Has 106 Blast hits to 105 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 96; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4929352..4930810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29059.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 263 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQLLSTPLM AVNSNPRFLS SSSVLVTGGF AVKRHGFALK PTTKTVKLFS VKSRQTDYFE KQRFGDSSSS PSPAEGLPAR FYVGHSIYKG KAALTVDPRA 101: PEFVALDSGA FKLSKDGFLL LQFAPSAGVR QYDWSKKQVF SLSVTEIGTL VSLGPRESCE FFHDPFKGKS DEGKVRKVLK VEPLPDGSGH FFNLSVQNKL 201: VNVDESIYIP ITRAEFAVLI SAFNFVLPYL IGWHAFANSI KPEETSRVNN ASPNYGGDYE WNR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)