AT1G13450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Homeodomain-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), MYB-like (InterPro:IPR017877); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT3G25990.1); Has 629 Blast hits to 540 proteins in 66 species: Archae - 0; Bacteria - 1; Metazoa - 110; Fungi - 7; Plants - 508; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4612999..4615115 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46678.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 406 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFISDKSRPT DFYKDDHHNS STTSTTRDMM IDVLTTTNES VDLQSHHHHN HHNHHLHQSQ PQQQILLGES SGEDHEVKAP KKRAETWVQD ETRSLIMFRR 101: GMDGLFNTSK SNKHLWEQIS SKMREKGFDR SPTMCTDKWR NLLKEFKKAK HHDRGNGSAK MSYYKEIEDI LRERSKKVTP PQYNKSPNTP PTSAKVDSFM 201: QFTDKGFDDT SISFGSVEAN GRPALNLERR LDHDGHPLAI TTAVDAVAAN GVTPWNWRET PGNGDDSHGQ PFGGRVITVK FGDYTRRIGV DGSAEAIKEV 301: IRSAFGLRTR RAFWLEDEDQ IIRCLDRDMP LGNYLLRLDD GLAIRVCHYD ESNQLPVHSE EKIFYTEEDY REFLARQGWS SLQVDGFRNI ENMDDLQPGA 401: VYRGVR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)