AT1G13290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2-like zinc finger protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative zinc finger protein (C2H2 family, type IIIA, subclass A1d) that has a WIP domain. Seedlings with mutations in DOT5 have a misaligned venation defect in their leaves and cotyledons. Additional developmental abnormalities, such as elongated petioles and aberrant phyllotaxy suggest that DOT5 is required for normal shoot and root development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEFECTIVELY ORGANIZED TRIBUTARIES 5 (DOT5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C2H2-type zinc finger family protein (TAIR:AT3G57670.1); Has 7460 Blast hits to 6100 proteins in 157 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 6553; Fungi - 59; Plants - 690; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 158 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4550366..4551527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34348.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 302 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYNNNQYSFS GDEDSVVLSL GPPGQQYPSH NKPTSTKPSS DHEFNHPLTN PNGVTVALHI GPPSSDKETL SGGNNQEGLT ARQGQYWIPS LSQILVGPTQ 101: FSCSVCNKTF NRFNNMQMHM WGHGSQYRKG PESLRGTKSS SSILRLPCYC CAEGCKNNID HPRSKPLKDF RTLQTHYKRK HGAKPFRCRK KCEKTFAVRG 201: DWRTHEKNCG KLWFCVCGSD FKHKRSLKDH VRAFGDGHAA HTVSDRVVGI GDADEDDEEE EEEEEDDVEE EDAHEENVRG EKNYGIRYDH FRRYGQISDD 301: NY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)