AT1G12620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT1G12300.1); Has 65829 Blast hits to 15121 proteins in 316 species: Archae - 4; Bacteria - 59; Metazoa - 1157; Fungi - 1233; Plants - 61014; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2362 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4294883..4296748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69636.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 621 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRGLIQTRLL ETGTLRTALF LSCYGRVFSS VSDGKGKVSY RERLRSGIVD IKEDDAVDLF QEMTRSRPRP RLIDFSRLFS VVARTKQYDL VLDLCKQMEL 101: KGIAHNLYTL SIMINCCCRC RKLSLAFSAM GKIIKLGYEP DTVTFSTLIN GLCLEGRVSE ALELVDRMVE MGHKPTLITL NALVNGLCLN GKVSDAVLLI 201: DRMVETGFQP NEVTYGPVLK VMCKSGQTAL AMELLRKMEE RKIKLDAVKY SIIIDGLCKD GSLDNAFNLF NEMEIKGFKA DIIIYTTLIR GFCYAGRWDD 301: GAKLLRDMIK RKITPDVVAF SALIDCFVKE GKLREAEELH KEMIQRGISP DTVTYTSLID GFCKENQLDK ANHMLDLMVS KGCGPNIRTF NILINGYCKA 401: NLIDDGLELF RKMSLRGVVA DTVTYNTLIQ GFCELGKLEV AKELFQEMVS RRVRPDIVSY KILLDGLCDN GEPEKALEIF EKIEKSKMEL DIGIYNIIIH 501: GMCNASKVDD AWDLFCSLPL KGVKPDVKTY NIMIGGLCKK GSLSEADLLF RKMEEDGHSP NGCTYNILIR AHLGEGDATK SAKLIEEIKR CGFSVDASTV 601: KMVVDMLSDG RLKKSFLDML S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)