AT1G12390.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:extracellular 0.928 What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Cornichon family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Cornichon family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: intracellular signaling pathway; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cornichon (InterPro:IPR003377); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cornichon family protein (TAIR:AT1G12340.1); Has 617 Blast hits to 617 proteins in 176 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 324; Fungi - 159; Plants - 93; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4220347..4221481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16437.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 137 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDIWTWLIS FFFLIALVGI IVYQLVCLAD LEFDYINPYD SASRINSVVL PEFIVQGVLC VFYLLTGHWF MTLLCLPYLY YNFHLYSKRQ HLVDVTEIFN 101: LLNWEKKKRL FKLAYIVLNL FLTIFWMIYS ALDDYED |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)